Остров с крепостью, контролировавшей вход в залив Элунда. На острове сохранялись остатки древних крепостных стен. В 1579 году венецианцы построили неприступную крепость с 35 пушками для защиты залива от Турок. После захвата Крита турками (в 1649 г) Спиналонга оставалась в руках венецианцев до 1715 г. Многие христиане нашли убежище на этом маленьком островке, спасаясь от насильственного обращения в ислам.
Турки, заселившие Спиналонгу после захвата, занимались в основном судоходством, рыболовством и торговлей. Население острова возросло и он был весь застроен.
После провозглашения Грецией независимости большинство жителей покинуло остров. В1903 г. было подписано решение об использовании острова для колонии прокаженных, чтобы изолировать их от здорового населения. Условия жизни на острове для больных были невыносимые. Без малейшей организации, без лекарств, без надежды. Трущобы, погрязшие в нищете и убожестве и тут же кладбище. Редко продукты питания доставлялись прокажённым на лодках.
В 1948 г. было открыто лекарство, лечащее вирус лепры. Поэтому количество больных на острове значительно уменьшилось. Большинство построек Лепрозория почти полностью разрушились. Маленький остров был забыт всеми на долгие 20 лет.